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Discovery Studio 金沙网站手机版js06金沙官网登入Discovery Studio

产品名称(英文):Discovery Studio

产品名称(中文):药物发明取生物大分子盘算模仿平台

软件厂家:BIOVIA

PDF引见 :点击下载

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Discovery StudioTM(简称DS),是环球着名的基于Windows体系,在同一的事情界面下,集成了所有药物设想取生物大分子计算方法取模仿东西的软件平台

  • 产物详情
  • 常见问题

   


      Discovery Studio™(简称DS),基于Windows/Linux体系,面向生命科学范畴的新一代份子建模和模仿情况。它服务于生命科学范畴的实行生物学家、药物化学家、构造生物学家、盘算生物学家和盘算化学家,应用于蛋白质构造功用研讨,和药物发明。为科学家供应易用的蛋白质模仿、药物的设想取优化东西。经由过程下质量的图形界面、经多年考证的科学算法和集成的情况,DS将实行数据的生存、管理取专业水准的建模、模仿东西集成在一起,为研讨部队的协作取信息同享供应平台。


 

Discovery Studio的重要模仿功用包孕:

  •   生物大分子:卵白/核酸的序列剖析、卵白退化剖析、蛋白质三维构造的展望取模仿、蛋白质构造外面电荷剖析及pKa值展望、膜蛋白的构造展望取模仿、抗体构造的展望取模仿、卵白理性设想、假造氨基酸突变、二硫键展望、假造丙氨酸扫描、假造饱和突变、卵白聚集效应展望、抗体的设想取优化、抗体人源化、抗体亲和力成熟、酶的设想取优化、核酸的设想取模仿、卵白-卵白(核酸/多肽)相互作用展望、卵白-小份子相互作用展望、X-ray晶体结构剖析等;

  •   盘算化学:份子力学盘算和份子动力学模仿、拉伸份子动力学模仿、量子力学/份子力学(QM/MM)盘算等;

  •   基于靶标构造药物设想:基于靶标构造的化合物假造筛选、全新药物设想、me too/me better药物设想、药靶感化机制注释、份子对接、基于片断的药物设想取革新等;

  •   基于配体药物设想局部:完整基于配体的药效团设想、基于配体-受体复合物的药效团设想、化合物数据库的构建和筛选、药效团数据库的构建取生存、基于药效团数据库的反向找靶、定量构效干系剖析(QSAR/QSPR)、构效干系剖析(MMP)、假造组合化学库的设想取剖析、类药性筛选、化合物构象搜刮和剖析、化合物ADMET性子展望等;
 
      基于上述模仿功用,Discovery Studio的运用重要涵盖药物、化学、生物三大学科,研讨范畴包孕:疾病的病发机理研讨、新药发明和设想、生物信息学、构造生物学、酶学、免疫学、病毒学、蛋白质工程、肿瘤研讨、食品科学、情况毒理研讨等。


Discovery Studio功能模块简介

根基界面和显现模块

  •  Discovery Studio Standalone

  •  Discovery Studio Visualizer Client

  •  Pipeline Pilot Server

  •  Discovery Studio Visualizer

  •  ActiveX Control

蛋白质模建及模仿模块

  •  DS MODELER

  •  DS Protein Refine

  •  DS Protein Families

  •  DS Protein Health

  •  DS Sequence Analysis

  •  DS Protein Docking

  •  DS Biopolymer

  •  DS Protein Aggregation

份子力学、份子动力学、份子力学/量子力学模仿模块

  •  DS CHARMm

  •  DS CHARMm Lite

  •  DS CFF (初级II类力场)

  •  DS MMFF (Merck Molecular Force Field)

  •  DS Analysis

  •  DS QUANTUMm

基于构造的药物发明和设想模块

  •  DS Flexible Docking

  •  DS LigandFit

  •  DS LibDock

  •  DS LigandScore

  •  DS CDOCKER

  •  DS GOLD interface

基于片断的药物设想模块

  •  DS Ludi

  •  DS De Novo Evolution

  •  DS MCSS

  •  DS Grow Scaffold

  •  DS Replace Fragment

基于药效团的药物发明和设想模块

  •  DS Catalyst Conformation

  •  DS Catalyst Hypothesis

  •  DS Catalyst Shape

  •  DS Catalyst Score

  •  DS Catalyst Structure Based Pharmacophore (SBP)

  •  DS Catalyst DB Build

  •  DS Catalyst DB Search

  •  DS De Novo Ligand Builder

  •  PCDB (PharmaCoreDB)

  •  PharmaDB

基于小份子的药物发明和设想模块

  •  DS QSAR,DS QSAR+

  •  DS MMP

  •  DS DMOL3 Descriptor

  •  DS Library Design

  •  DS ADMET & TOPKAT Toxicity Bundle

生物大分子X-ray晶体结构剖析模块

  •  DS X-RAY

 

根基界面和显现模块

  •  Discovery Studio Standalone

可视化界面,是应用Discovery Studio软件停止份子设想和模仿的根蒂根基,支撑“服务器(server)-客户端(client)”安装在统一台机械上的运转形式。取Pipeline Pilot Server联合在一起,供应化学/生物学数据显现、静态转变展现、三维作图、动画的输出等显现功用,及很多别的模仿剖析功用,如三维份子的构建、受体联合口袋的快速显现、份子间2D/3D相互作用的剖析取实际、基于MMP要领的SAR剖析、基于药化回响反映停止化合物的片断发展、基于电子等排体交换的化合物骨架跃迁和二硫键突变位点展望。

 

  •  Discovery Studio Visualizer Client

“服务器(server)-客户端(client)”运转形式中、客户端的可视化界面,用于接见和运用服务器端的Discovery Studio软件。必需取服务器端设置的Pipeline Pilot Server协同事情,为用户供应数据、事情流程和盘算资本的同享。

 

  •  Pipeline Pilot Server

软件的盘算服务器端。

 

  •  Discovery Studio Visualizer

免费的分子结构显现和剖析软件,包含Discovery Studio Visualizer Client的局部显现功用,但没法取盘算服务器Pipeline Pilot衔接。此产物经由过程注册下载得到。

 

  •  ActiveX Control

免费的份子三维构造显现插件。适用于Windows情况,该插件能够资助用户在IE、Powerpoint中间接显现和剖析份子的三维构造。此产物经由过程注册下载得到。

 

蛋白质模建及模仿模块

  •  DS MODELER

只要给出未知构造序列取另一个已知三维构造且具有肯定同源性的卵白,应用产业尺度的快速同源模建要领,便可主动并快速展望卵白构造。可展望的卵白构造范例包孕酶、抗体、跨膜蛋白。关于靶标发明及卵白家属功用构造剖析,MODELER是一个幻想的解决方案。用MODELER借能够模仿卵白突变,停止loop区模建及基于构造的比对并构建有配体联合的卵白构造模子。联合Sequence Analysis模块,能够全自动完成抗体Fab区、Fv区和全长抗体构造的模建。联合Discovery Studio里模仿及以构造为根蒂根基的药物设想的功能模块,用MODELER借能够深切研讨卵白构造及功用的干系。同时,MODELER顺序支撑并行盘算。

 

  •  DS Protein Refine

应用CHARMm对模建好的蛋白质停止侧链和loop区的优化,进步卵白同源模子的准确性。

 

  •  DS Protein Families

剖析卵白家属卵白序列的守旧形式和在三维构造上守旧残基的位置,能够在份子程度上更好天了解到卵白功用机制。Protein Families简朴易用的流程(protocols),也可一步步天指导用户停止剖析,从卵白家属的序列或构造比对,到退化踪影剖析。而退化踪影剖析包孕用分层散类的要领去竖立卵白家属体系树(phylogenetic tree)图和把这些获得的功用正文信息画到三维构造上去。停止序列比对时,许可凭据需求对照对效果增加束缚,进步活性部位要害残基的比对结果。

 

  •  DS Protein Health

蛋白质三维构造合理性评价东西。Protein Health模块应用Profiles 三维要领,经由过程将三维构造的构造情况取特定氨基酸残基的优先外界情况相比较,得到相干构造性子取氨基酸序列信息之间的干系。经由过程Protein Health模块的剖析,用户能够轻易快速天找到蛋白质构造中不合理的地区。

 

  •  DS Sequence Analysis

取功用已知的别的卵白序列停止比对,是肯定卵白生物功用的第一步。用Sequence Analysis能够让用户运用BLAST及PSI-BLAST算法去搜刮当地数据库大概NCBI网上数据库,肯定卵白序列的同源地区。搜刮效果在交互的讲演花样里显现以轻易停止进一步的剖析及在别的Discovery Studio模块内里的运用。基于上述剖析序列剖析效果,能够停止退化树的构建和剖析。Discovery Studio同时借支撑抗体序列的正文功用、种系基因V基因和J基因的辨认功用,和基于卵白序列停止卵白翻译后润饰位点、抗原线性表位的展望功用和卵白分子量、等电点、净电荷等生物物理学性子的盘算功用。

 

  •  DS Protein Docking

快速而正确的卵白-卵白(核酸/多肽)复合物构造展望东西。Protein Docking接纳典范牢靠的ZDOCK算法展望卵白-卵白复合物构造,共包孕ZDOCK、ZRANK、RDOCK三个盘算模块。ZDOCK用于卵白-卵白刚性对接,ZRANK用于对ZDOCK获得的构造停止基于能量的重打分,RDOCK则基于CHARMm能量最小化要领优化ZDOCK获得的构造。Discovery Studio中借供应对ZDOCK效果停止包孕聚类分析在内的剖析功用,资助用户轻易快速天缩小局限,锁定感兴趣的复合物构造。

 

  •  DS Biopolymer

DS Biopolymer模块整合了Delphi功用,为用户供应操纵简朴易学且适用的模子搭建和生物大分子静电势剖析东西。DS Biopolymer可用于搭建和润饰蛋白质和小肽份子、将蛋白质复合物分红差别的组分、快速发生肽类或蛋白质份子的性子剖析讲演、盘算卵白的静电势散布和溶剂化能和卵白氨基酸残基pKa值、盘算卵白偶极矩随pH的转变、评价蛋白质的溶解性和黏度。DS Biopolymer发生的小份子和生物大分子模子能够在Discovery Studio其他模块中停止进一步的剖析。

 

  •  DS Protein Aggregation

展望抗体、卵白、多肽等生物范例的药物在制造、生产过程的聚集效应,从而肯定其稳定性。经由过程展望影响卵白自聚集的氨基酸位点,去停止氨基酸突变,从而实现卵白设想取优化。

 

份子力学、份子动力学、份子力学/量子力学模仿模块

  •  DS CHARMm

产业尺度的份子力学及动力学顺序。基于哈佛的CHARMM模仿引擎,CHARMm络续开辟晋级并增添最新的功用。应用典范而壮大的CHARMm盘算引擎及CHARMm系列力场,停止份子动力学模仿,静态研讨卵白、核酸、糖类、脂质、多肽、小份子及响应的复合物等多种份子在差别情况和状况下的热力学及动力学特性。为了研讨工夫标准更广的生物学历程,DS CHARMm借支撑拉伸份子动力学模仿,可静态研讨配体的去联合历程、通道卵白中离子/配体的推离历程和卵白的去折叠历程及构象的转变,展望受体-配体联合自由能。基于DS CHARMm借能够接纳假造的丙氨酸扫描(computational alanine scanning)、饱和突变(Saturated Mutation)要领剖析氨基酸突变对蛋白质热稳性、卵白复合物亲和力的影响,从而快速高效天停止蛋白质设想取优化。在Discovery Studio中CHARMm也可应用于基于构造的药物设想模块。基于CHARMm的对接算法CDOCKER能够准确展望卵白-配体相互作用干系。在此基础上,应用CHARMm借能够停止思索药效团限定的份子对接。同时,经由过程熵的盘算能够进一步进步MM-GBSA和MM-PBSA受体-配体联合自由能盘算的准确性。用户能够运用CHARMm组件定制庞大的模仿流程,也能够将该流程与其它盘算应用软件整合在一起运用。支撑CHARMm、charmm36、charmm27、charmm22、charmm19力场,可模仿多种Poisson-Boltzmann (PB)和Generalized Born (GB)范例的隐形溶剂模子。支撑并行盘算。在DS4.0版本中又引入了NAMD模仿引擎,使得盘算速度更快。

 

  •  DS CHARMm Lite

用CHARMm Lite展望配体取受体亲协力,可得到配体越发准确的打分及排序。CHARMm Lite也可用经由考证的CHARMm、CFF或MMFF力场及其它几个优化算法停止原位的配体优化,它的运用借可扩展到大量配体的下通量剖析。所有的事情皆能够在背景并行盘算。

 

  •  DS CFF (初级II类力场)

第二类齐原子力场,能够应用于卵白、核酸、糖类、脂质、多肽等大部分生物份子及小分子结构的模仿研讨。

 

  •  DS MMFF (Merck Molecular Force Field)

来自于重新盘算和实行数据的第二类力场,专为正确处置惩罚构象能和非键相互作用而设想,用于配体或有机小份子的模仿研讨。

 

  •  DS Analysis

份子动力学效果剖析和显现模块。可以或许剖析和显现份子动力学轨迹文件,包孕对轨迹停止主身分剖析、盘算径向散布函数、原子间距离和角度等的转变剖析、RMSD和RMSF的剖析等。能够将份子轨迹文件以静态、曲线图和表格的体式格局显示出来。Analysis模块能够资助用户很好天明白酶催化机制、受体激活和细胞旌旗灯号转导历程中份子构象取能量间的互相影响。

 

  •  DS QUANTUMm

运用量子力学/份子力学(QM/MM)要领能够从电子程度准确优化靶标卵白-配体复合物中,联合位点处的构象和能量,盘算精度高于纯真的力学优化。个中量化要领接纳基于密度泛函实际的DMOL3顺序,力学优化接纳CHARMm。需求用户界说响应的QM区和MM区。

 

基于构造的药物发明和设想模块

  •  DS Flexible Docking

受体柔性对接东西(“Induced-Fit”对接东西),能够实现配体取受体单柔性对接,模仿配体取受体联合时的“引诱——符合”效应。Flexible Docking模块先对卵白活性口袋的侧链发生多个构象,然后将配体对接到受体的活性口袋傍边,最初对获得的配体-受体复合物构造停止优化。Flexible Docking最大的上风在于正确,能够邃密天研讨配体-受体的相互作用信息,适合于感化机理研讨。需求DS CHARMm, DS LibDock, DS Catalyst Conformation, DS Protein Refine模块支撑。

 

  •  DS LigandFit

基于外形婚配的份子对接顺序,接纳蒙特卡罗方法对小份子的柔性停止采样。LigandFit模块能够轻易快速天将小份子化合物对接到生物大分子的活性位点中,是一个快速、天真的份子对接顺序,能够思索配体联合取向、联合构象和外形婚配等多种身分。LigandFit在下通量假造筛选时可并行盘算。同时具有设置interaction filter的功用。

 

  •  DS LibDock

快速的份子对接东西,适用于对大规模数据库停止快速准确的假造筛选。LibDock凭据小份子构象取受体相互作用热区(Hotspot)婚配的道理将这些构象对接到受体的联合口袋傍边,其最大的上风在于速度快,能够并行运算,适合于停止大规模假造筛选,取DS Catalyst Conformation中的CAESAR等快速天生构象的要领联合运用更佳。

 

  •  DS LigandScore

接纳经由考证的打分函数和特定的形貌符,评价受体-配体间的相互作用。经由过程对对接效果的剖析,可资助用户肯定联合形式方面能够存在的题目,辨别准确或毛病的联合构象,把差别联合构象的配体顺次排序以供筛选或分解运用。可自定义参数,可将所有设置生存并与其他使用者同享。LigandScore在下通量的假造筛选时也可并行盘算。

 

  •  DS CDOCKER

是基于CHARMm的对接顺序,接纳soft-core potentials和optional grid representation将配体份子取受体活性位点停止对接。起首接纳高温动力学的要领随机搜刮小份子构象,随后接纳模仿退火的要领将各个构象在受体活性位点地区停止优化,从而使对接效果越发正确。Dock Ligands (Pharmacophore Restraints and CHARMm)要领借能够在运用CHARMm力场停止对接的历程中思索药效团的限定,那一功用的实现需求DS CHARMm和DS Catalyst Score的支撑。

 

  •  DS GOLD interface

DS供应了GOLD顺序的接口,并提供了设置interaction filter的功用。需求用户有GOLD软件才气运用。

 

基于片断的药物设想模块

  •  DS Ludi

全新药物份子设想东西。运用Ludi去发明新的具有潜伏活性的化合物,可节约研究者大量的工夫。Ludi壮大的设想东西许可使用者在实行剖析之前模仿筛选,并许可对已有的化合物停止革新。Ludi易于操纵,它包含有drug-like片断库,同时也许可用户将本身的份子片断到场到片断库中。

 

  •  DS De Novo Evolution

在Ludi衔接形式基础上生长而去的基于受体的小份子药物重新设想要领。在给定母核构造的状况下,DS De Novo Evolution能够主动天为研究人员设想潜伏的取受体有下亲和力的小份子化合物,大大收缩了全新小份子药物发明及革新的周期。DS De Novo Evolution可以或许在肯定份子骨架的基础上发明取受体联合位点构造和化学特性互补的全新小份子,并能够停止不同层次的优化,包孕份子程度和片断程度,是设想Me-Better类药物份子的有力东西。

 

  •  DS MCSS

基于片断的药物设想东西。能够将多个份子片断同时对接进入蛋白质的联合位点,寻觅片断的最好联合位置地区,是强有力的全新药物设想东西,也能够用来表征和剖析蛋白质联合位点处的特性。那一功用的实现需求DS CHARMm。

 

  •  DS Grow Scaffold

基于药化回响反映发展片断东西。可以或许拔取配体份子中某个原子大概某一个基团作为回响反映位点,拔取典范的药化回响反映停止片断发展,如:酰胺分解回响反映、醚分解回响反映。可选择性的接纳MM-GBMV/SA模子优化配体份子和/或拔取的局部卵白份子侧链。最初凭据卵白口袋婚配特性罗列化合物并停止帕累托优化。经由过程这种方法设想获得的份子更易于实行分解。

 

  •  DS Replace Fragment

基于电子等排体交换的骨架跃迁东西。能够在有受体卵白构造的指点下停止大概离开卵白构造的需求零丁停止。可选择性的接纳MM-GBMV/SA模子优化配体份子和/或拔取的局部卵白份子侧链。也能够选择性的接纳用户自定义的份子形貌符以基于构造相似性对份子停止排序和过滤。最初凭据卵白口袋婚配特性罗列化合物并停止帕累托优化。

 

基于药效团的药物发明和设想模块

  •  DS Catalyst Conformation

多样、完整且快速的构象模子天生东西,能够选择接纳Polling或CAESAR算法,也可采用体系搜刮或随机要领天生构象,天生的构象可用于发生药效团模子或停止数据库搜刮。

 

  •  DS Catalyst Hypothesis

对一组化合物停止基于特性构造的比对并主动天生药效团模子的东西。这些特性构造包孕亲疏水性基团、氢键给体/受体和正/负电荷基团等。发生药效团模子时若是供应详细的活性数据,能够发生3D-QSAR药效团并用之去展望新化合物的活性,若是在发生药效团的历程中思索扫除体积,从而引入受体占有空间位阻的信息,精修后获得的药效团模子能够进步展望才能;发生药效团模子时若是不供应详细的活性数据,可凭据化合物和药效团叠合、婚配的状况对候选份子或三维数据库征采效果的活性停止定性的评价。关于已知受体-配体联合形式的晶体结构复合物,用户能够基于该复合物实在的相互作用特性间接发生具有选择性的药效团模子。

 

  •  DS Catalyst Shape

用一个特定化合物的外形做模板,肯定能够与此模板具有类似外形的化合物。该模块是对基于化学特性药效团征采要领的一个有用增补。

 

  •  DS Catalyst Score

供应了份子和药效团之间对照、叠合的东西,快速天评价或排序实行获得的或数据库中的化合物。

 

  •  DS Catalyst Structure Based Pharmacophore (SBP)

基于受体构造发生精准的药效团模子。SBP从受体位点的特性间接获得相互作用位点图,而且将这个信息转化成适用于快速三维数据库检索的药效团模子。这些相互作用位点图还能够停止编纂、分类,以确保只要最重要的信息会被保存下来用于假造筛选。同时SBP中还可思索受体活性位点处氨基酸残基的空间排布,使得经由过程假造筛选获得的份子不只知足和受体联合位点化学特性上的互补,借能够在空间上很好天联合在活性位点空腔处。SBP引入了那些运用受体构造信息的最好要领,这些要领曾经在下通量筛选的实行情况中所运用。运用Catalyst SBP模块,用户能够轻易天构建属于本身的药效团数据库。

 

  •  DS Catalyst DB Build

竖立及管理化合物的三维构造数据库,取DS Catylyst DB Search可合营运用,用于基于药效团模子的化合物数据库假造筛选。

 

  •  DS Catalyst DB Search

基于药效团停止数据库搜刮的东西,能够资助科研人员查找到能够的先导化合物。这些可检索的药效团中包含了却合特性、外形和特性束缚等信息,将如许的药效团作为一个数据库的检索前提,在包含了不计其数分子结构的贸易或内部数据库中停止查询。DS Catalyst DB Search在检索时借思索了份子三维构造的柔性。

 

  •  DS De Novo Ligand Builder

药效团指导的全新配体构建东西。它接纳一种新奇而奇特的基于片断的药物设想要领(FBDD),片断安排的位置受药效团安排。如许发生的化合物不只取卵白活性位点互补,并且化合物之间的互补性有利于发生新的先导化合物。这个有力的东西能用于敏捷发生很多包含取特定靶标联合必须特性的化合物。

 

  •  PCDB (PharmaCoreDB)

PCDB是由北京大学结合上海药物所、创腾科技有限公司和中国医学科学院药物所、四川大学及华东理工大学,配合推出的一个具有自主知识产权的,面向生命科学和药物研发范畴的药效团数据库(该数据库的研发得到了国度863课题的赞助)。PCDB 2.0供应了凌驾2300个基于靶标构造或活性小份子的药效团,并根据靶标范例、卵白泉源、相干疾病、医治范畴、生化范例等方面停止了分类,其中的大多数药效团皆经由搜检并凭据需求停止手工批改,具有很下的可靠性。相干研讨效果注解该药效团数据库能够很好天应用于活性份子的筛选、多靶标多配体联合研讨、中药多组分协同感化机理研讨等药物研讨的热点范畴,同时在发明现有药物的新用处方面也有很好的运用远景。

 

  •  PharmaDB

药效团数据库,包含基于scPDB(2012)中7028个复合物晶体结构构建的117423个药效团模子,并凭据差别的靶标范例停止了分类,是目前市场上最大的受体-配体复合物药效团数据库。联合PharmaDB,Discovery Studio能够快速有效地停止反向找靶、中草药有效成分确实定和化合物毒副作用评价。

 

基于小份子的药物发明和设想模块

  •  DS QSAR,DS QSAR+

定量构效干系研讨东西。能够盘算靠近千种取生物活性或ADME/T性子相干的形貌符,包孕份子拓扑形貌符、份子指纹在内的一系列根基性子。同时能够挪用半履历量子力学顺序VAMP盘算取电子相干的形貌符。借供应了多种统计东西,如Bayesian模子、多元线性回归、偏偏最小二乘法等,用于对种种庞大数据停止建模和数据发掘。

 

  •  DS MMP

可以或许应用之前的实行数据快速获得活性绝壁(activity cliff),用来明白构造已知的化合物相干基团之间性子差别,从而设想构造新奇的化合物。

 

  •  DS DMOL3 Descriptor

运用基于泛函密度实际的量子力学顺序DMOL3盘算份子中取电子相干的形貌符。

 

  •  DS Library Design

大规模组合化学库的构建和剖析东西。Library Design模块供应了一整套专为化学库设想而定制的份子相似性和多样性聚类分析要领。用户能够快速天构建种种组合化学库,运用壮大的统计学剖析和显现东西对组合化学库的种种性子停止剖析和对照,在化学库设想历程中运用Pareto优化要领优化多种性子等,以到达用户按现实需求对化合物库停止整顿和革新的目标。

 

  •  DS ADMET & TOPKAT Toxicity Bundle

供应了从化学构造展望吸取、散布、代谢、吸收(ADME)和毒理性量的东西。优化ADME/T性子在药物研发历程中黑白常要害的,由于据统计凌驾80%的新化学实体在新药研讨的前期被镌汰。开端预计这些失利的缘由有一半是因为ADME/T性子不符合要求。ADMET模块供应了盘算ADME/T展望值的东西,可以或许在药物发明的晚期阶段便对能够有题目的新化学实体停止展望。应用这些模块将明显天低落药物发明的用度,同时节约了胜利候选药物生长和评价的工夫。DS ADMET如今包含了血浆卵白联合、肝毒性、人细胞色素P450 2D6酶联合、被动的肠内吸收性、血脑屏障穿透性、25合下的水溶性等6个模子。竖立这些模子的数据来源于大量文献报导和实行的数据,同时这些模子皆得到了普遍的考证。它们能够用来剖析和设想假造组合库,也能够用来剖析单个份子。TOPKAT模块供应了化合物毒理性量展望东西。经由过程化合物的二维构造信息构建下质量的QSTR(定量构造-毒性干系)模子,并对各种有机化合物的诸如急性毒性、慢性毒性、诱变性、再生性等毒理性量停止展望,同时借能够思索化合物对情况毒性的影响,大大节约实行的工夫和投入。DS TOPKAT的专利技术——“最好展望空间”评价考证手艺(OPS ——Optimum Prediction Space),和高效的批处理展望才能,使得它能够对大批量的有机化合物的毒理性量停止快速而正确的展望,知足各种企业和研讨机构对化合物停止毒理研讨的需求。现在,DS中所有TOPKAT毒性模子均以QMRF花样提交至欧洲委员会结合研究中心,遵照QSAR模子考证的OECD原则,保障了其规范性和可靠性。研究者也能够将本身的毒性数据取已有的毒性数据停止整合,构建新的TOPKAT毒性模子。

 

生物大分子X-ray晶体结构剖析模块

  •  DS X-RAY

X-ray科学功能模块为处置X射线晶体学家和基于构造的药物设想科学家供应了从X射线晶体学实行数据到构造构建和粗建的全套东西和事情流程。基于成熟的CNX软件包和DS的流程搭建平台,能够很轻易天经由过程东西面板、事情流程、命令行等多种体式格局实现构造的检测和粗建,包孕发生电子密度图、去除水分子、考证配体的位置和相互作用等操纵。另外,借能够停止卵白-配体复合物构造的下通量展望盘算。经由过程配体在卵白中的安排、构造优化、溶剂化等一系列主动流程化的运作去实现卵白-配体复合物构造的下通量盘算。

 

产物征询:

021-51821768转219 (沪办)

010-82676188转213 (京办)

► 问:Discovery Studio 4.0有哪些力场?

     答:CHARMm、CHARMm Polar H、charmm19、charmm22、charmm27、charmm36、CFF、MMFF


► 问:Discovery Studio 4.0动力学有哪些盘算引擎?

     答:在原有的CHARMm引擎的基础上,4.0又迎来了NAMD。给您更多的选择。


► 问:Discovery Studio 4.0可以或许剖析的非键相互作用有哪些?

     答:DS4.0将对非键相互作用停止了从新的设想。范例分为了三种favourable、unfavourable、unsatisfied。

             Favourable包孕:Hydrogen Bonds、Electrostatic、Hydrophobic、Halogen、Miscellaneous

              Unfavourable包孕:Steric Bumps、Charge Repulsion、Acceptor/Donor Clash、Metal Repulsion


► 问:构建及考证基于受体-配体复合物药效团CBP

   答:跟着 X-射线晶体衍射和核磁共振手艺的前进,大量的卵白构造被剖析,尤其是若是受体和抑制剂复合物构造已知,则从复合物构造中能够获得抑制剂中对活性孝敬较大的基团及其空间散布。因而,在基于活性配体构建药效团模子,即 HipHop 和 HypoGen 要领和基于受体的药效团模子 SBP 要领的基础上,Discovery Studio 3.0 又增添了基于受体-配体晶体复合物构建药效团模子的功用(Receptor-Ligand Pharmacophore Generation)。


► 问:构建基于受体构造的药效团模子(SBP)的根基引见?

  答:Structure Based Pharmacophore(SBP)应用已知或假定的卵白活性位点从受体位点的特性间接获得相互作用位点图,而且将这个信息转化成适用于快速三维数据库检索的药效团模子。这些相互作用位点图还能够停止编纂、分类,以确保只要最重要的信息会被保存下来用于假造筛选。同时 SBP 中还可思索受体活性位点处氨基酸残基的空间排布,使得经由过程假造筛选获得的份子不只知足和受体联合位点化学特性上的互补,借能够在空间上很好天联合在活性位点空腔处。 SBP 引入了那些运用受体构造信息的最好要领,这些要领曾经在下通量筛选的实行情况中所运用。


► 问:构建具有活性展望才能的药效团(Hypogen)的特性是什么?

     答:Hypogen可以或许构建3D QSAR Pharmacophore 并应用其去展望化合物的活性及指点化合物的优化以进步活性。


► 问:构建基于份子配合特性的药效团模子(HipHop)的道理?

  答:HipHop经由过程发明一系列配体小份子所共有的化学特性,并基于这些配合特性构造的比对叠合主动天生药效团模子,用户能够运用共有的特性药效团去搜刮化合物数据库去寻觅能够的先导份子。基于份子配合特性的药效团模子一样也能够用于探究一系列具有类似活性但构造却差别大概构造柔性较大的份子的构效干系。


► 问:Discovery Studio中有几种药效团模子的构建要领呢?

     答:在Discovery Studio中,共有四种药效团模子构建要领,分别是HipHop,Hypogen,SBP,CBP。


► 问:药效团模子怎样明白?

     答: 其实不是代表某个份子或某个详细官能团

               代表一组化合物取统一受体一些主要的相互作用

               能够以为是大量活性化合物的配合成药特性


► 问:卵白不对接小份子,能不能检察联合位点有哪些氨基酸,怎样操纵?

  答:起首能够经由过程实行数据或文献信息(要害氨基酸)判定联合位点,若是没有上述信息能够接纳DS中Find Sites from Receptor Cavities东西去找寻潜伏的活性位点,然后再检察活性位点处残基便可。


► 问:停止卵白同源建模时,对模板卵白的同源性要求是多少?

    答: 模板同源性越下获得的模子质量越下,同源性越低则固然能够构建模子但可靠性却大大低落,因而尽量找同源性下的模板去停止模建,若是前提不允许那么一般同源性最好也能在30%以上。


► 问:DS中哪一个模块是对份子对接停止评价的,怎样对照统一配体对接卵白的差别构象,怎样对照差别配体对统一卵白的对接结果,和怎样评价或盘算对接的稳定性?

    答:份子对接效果的评价能够接纳差别的要领:对接打分对照、感化形式及相互作用(如氢键等)的视察、到场感化的氨基酸残基是不是相符实行效果或文献调研信息、结合能等,这些评价体式格局同时适用于雷同配体的差别对接构象和差别配体的对接效果,个中氢键、pai-pai键相互作用能够经由过程点击Tools/Receptor-ligand Interactions/ Visualize Receptor-Ligand Interactions下选项去显现,受体-配体结合能能够经由过程Calculate binding energy模块去实现;


► 问:叨教用CDOCKER大概Ligandfit做对接的时刻,能不能随意的改动某一个或某几个氨基酸的取向呢?

    答:这两种对接要领都是半柔性对接算法,也就是说卵白在对接历程中都是连结刚性的,因而氨基酸残基皆只连结初始构象,不会做任何更改。

若是您想要思索残基的构象转变身分,发起能够接纳柔性对接要领。

► 问:一般状况下在做份子对接的时刻需求对卵白和配体份子做那些预备呢?

    答:一般说来,卵白一定要经由Clean Protein处置惩罚,小份子一定要经由加氢处置惩罚,那是所有的对接和药效团所通用的。

若是运用CDocker的话,发起离别对卵白和小份子先加力场,然后再对接,不然可能会泛起报错。加力场是经由过程Tools | Simulation | Change Forcefield | Apply Forcefiled,一样平常接纳默许的力场和赋电荷要领便可。
卵白构造一样平常是不需要停止优化的。小份子是不是优化取决于其泉源,若是是来源于数据库,则该小份子的构造一样平常曾经被优化过了,不需要再停止优化,而若是是本身脚动画出来的,则一定要停止优化。优化的要领是在Tools | Small Molecules | Minimize Ligands | Full Minimization,该要领能够批量的优化多个小份子,接纳默许参数停止优化便可。

► 问:当卵白的联合位点选定的时刻,怎样运用Discovery Studio软件将该选定联合位点的地区的主要氨基酸符号出来?

    答:您能够双击选择主要的氨基酸,右键 | Labels | Add去增加标签,若是是要符号氨基酸的话,在弹出的小窗口中设置Objects为AminoAcid。


► 问:工程师您好!我在用CDOCKER对接的时刻,怎样出能发生pose?

    答:CDOCKER没有对接效果,一样平常能够从以下几个方面去思索:

          1.界说的Binding Sphere的半径:该值只要包管有充足的空间供配体停止对接便可,您设置的30曾经很大了,因而其实不是影响您对接效果的缘由,发起照样能够调小一点;

         2.运用高温动力学发生多构象时的步数:即Random Conformation下的Dynamics Steps参数项,增大该参数,能够使配体发生更公道的多构象;
         3.配体对接入卵白活性位点以后的Orientation参数:即Maximum Bad Orientations和Orientation vdW Energy Threshold两个参数,增大那两个参数,可以获得更多的对接pose。js06金沙官网登入
因而,发起您能够对后两点提到的参数停止调解。

► 问:怎样讨取最新版的Discovery Studio Visualizer?

     答:以下是您讨取的DS3.5 Visualizer下载链接:http://www.neotrident.com/newweb/Downs.asp?DownCata=1


► 问:Discovery Studio Visualizer取我的显卡不兼容怎么办?

     答:Discovery Studio具体的硬件(包孕显卡)和系统配置需求睹以下链接:

             http://accelrys.com/products/discovery-studio/requirements/technical-requirements-310.html


► 问:药效团的彩色小球代表什么意义呢?

     答:彩色球体即以下几种药效特性元素:绿色-氢键受体,蓝色-疏水中央,赤色-正电荷中央。

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